En 1840, México vivía un conflicto político en todo sus territorio y Yucatán, que en aquel momento los estados de Campeche, Yucatán y Quintana Roo, existía descontento con el gobierno centralista que predominaba.
Por ello, el 4 de marzo de ese año, la Cámara de Diputados local aprobaba el Acta de Independencia de la Península, estableciendo que “el pueblo de Yucatán, en el pleno uso de su soberanía se erigía en república libre e independiente de la nación mexicana”.
El gobierno de México no aceptó esta independencia; por un lado envió una avanzada militar para enfrentar a los separatistas en lo que hoy se conoce como Hacienda Pacabtún en Mérida.
Por otro lado, el cierre del comercio entre puertos yucatecos y mexicanos afectaba la economía de Yucatán.
Finalmente, Antonio López de Santa Anna, entonces presidente, firmaba el 5 de diciembre de 1843 los convenios que otorgaban a Yucatán autonomía plena, con la condición de que se reintegrara al territorio nacional.
Sin embargo, el 1 de enero de 1846, Yucatán se volvió a declarar independiente de México, aunque poco duró este segundo periodo independiente.
La crisis generada por la Guerra de Castas entre mayas y mestizos, obligó al gobierno yucateco a pedir ayuda militar al gobierno mexicano, a costa de su soberanía y a cambio de su reincorporación.
En 1848 se reincorpora Yucatán a la República Mexicana, cerrando definitivamente este capítulo separatista.
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