Por el trazo por donde pasará el tren México-Querétaro se detectaron riesgos de inundación, especialmente en áreas de Tula de Allende y San Juan del Río, como lo indica la Manifestación de Impacto Ambiental (MIA).
El proyecto forma parte de la red de transporte ferroviario que se extenderá a lo largo de aproximadamente 3 mil 839 kilómetros de vías distribuidas en diversas rutas en todo el país, una de ellas es la que partirá de la Ciudad de México hacia Querétaro con una longitud de 230 kilómetros con un tiempo de recorrido de 1 hora con 50 minutos.
La ruta contempla una estación en Hidalgo, específicamente en Tula,pero este no es el único ya que el tren atravesará territorio de cinco municipios hidalguenses.
